摘要:表达数量性状位点(expression quantitative trait locus, eQTL)是一类能够影响基因表达量的遗传位点(主要都是单核苷酸多态性,SNP),可以直接理解为调控基因的SNP。
eQTL的概念
表达数量性状位点(expression quantitative trait locus, eQTL)是一类能够影响基因表达量的遗传位点(主要都是单核苷酸多态性,SNP),可以直接理解为调控基因的SNP。
分析基因与疾病的关系离不开eQTL数据,而eQTL数据则离不开GETx数据库,现在GETx数据库的eQTL数据已经更新到V10版了(之前是V8版,没有V9的,现在直接跳到了V10),现在来分享一下如何利用GETx eQTL V10数据来做科研。
GETx eQTL V10数据的应用:
1、灌水发文章
2、干湿结合发文章
3、开题(筛选基因)
4、申请课题(筛选基因)
从数据下载到分析步骤如下:
1、GETx eQTL V10 eQTL数据的下载
(GTEx(https://www.gtexportal.org/home/))
2、GETx eQTL V10 eQTL数据格式的整理(不是常规文本文件,使用代码转换成常规.txt文件)
3、GETx eQTL V10 数据 ID转换(下载下来的数据没有这些ID的)
4、批量提取多个基因的eQTL数据与过滤
5、单个基因孟德尔随机化分析
6、多个基因孟德尔随机化分析
之前的eQTL数据分析结果不理想,可以考虑使用新的GETx eQTL V10数据来分析可能结果会发生重要的变化,直接帮助你顺利完成发文章、开题、申请课题。GETx eQTL V10数据的难点就是数据整理问题,需要对编程比较熟悉,同时需要配置非常高的电脑,对普通小白来说非常不友好。
如果你打算利用新的GETx eQTL V10数据来发文章、开题、申请课题,不妨可以按照上面的步骤来整理一下数据,然后进行分析。
来源:小玉科技观