UKB-PPP pQTL数据的下载与分析

摘要：最近有很多粉丝问题到如何下载UKB-PPP pQTL数据、如何分析？现在来看看这个问题，首先我们可以百度一下UKB-PPP pQTL找到下载的网址，具体如下：http://www.synapse.org/Synapse:syn51364943/wiki/622

最近有很多粉丝问题到如何下载UKB-PPP pQTL数据、如何分析？现在来看看这个问题，首先我们可以百度一下UKB-PPP pQTL找到下载的网址，具体如下：http://www.synapse.org/Synapse:syn51364943/wiki/622119

需要用邮箱注册一个账号，然后登录进去，点击Files就可以进入如下的界面就可以找到了下载的地方：

自己可以下载自己需要的pqtl数据，也可以全部下载来，不过全部下载下来是比较困难的，因为这里有2940个文件，搞下来就高达2T数据，没有稳定的、高速的网络根本行不通。

UKB-PPP pQTL数据非常不友好，下载下来是不能直接分析的，因为数据按照染色体分开存放的，更惨的就是没有提供rs开头的SNP ID，根本没有办法分析。

既然下载好的数据是分开的，又没有SNP ID，想进行数据分析必须进行数据合并和SNP ID转换，这个就麻烦了，因为这些操作需要大量的硬盘空间、强大的CPU、内存，普通电脑根本无从下手。

UKB-PPP pQTL数据的缺点和难点：

处理成本比较高：1、至少要5T以上的硬盘（普通电脑根本没有这么大的硬盘，需要购买移动机械大硬盘）2、对CPU、内存要求高（普通笔记本吃不消）3、需要服务器、Mac Studio、顶配台式机2940个文件转换ID的时间计算：需要一定的编程能力，同时对电脑配置要求比较高普通电脑：直接冒烟好一点的电脑：转好一个文件（2小时），一共需要5880小时（245天）高端电脑：转好一个文件（1小时），一共需要2490小时（122.45天）大型服务器：转好一个文件（半小时），一共需要1445小时（60.20天）2940个文件的合并、提取cis-pqtl、过滤数据的时间：需要一定的编程能力，同时对电脑配置要求比较高普通电脑：直接冒烟高端电脑或者大型服务器：需要10天左右

最好的就是有专业人士用大型服务器下载和处理好