摘要：生物医药的研究生们，实验做完了，论文写完了，但依旧觉得花样太少，图片太少，怎么办？那就加上几张分子对接的图呗，点点手指头就可以了呀？

生物医药的研究生们，实验做完了，论文写完了，但依旧觉得花样太少，图片太少，怎么办？那就加上几张分子对接的图呗，点点手指头就可以了呀？

什么？方法太难，步骤太多？那是你没找对工具！

今天教你使用 Dockey 进行分子对接及其可视化，全程无脑点、点、点，就可以了！赶紧来试试吧！

Dockey 链接：https://big.cdu.edu.cn/software/dockey

或者 github 链接：https://github.com/lmdu/dockey/releases

Vina 链接：https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina/releases（大部分人都是 windows 系统，所以直接选择 vina_1.2.5_win.exe 即可）

1.解压压缩包或者双击下载的 Dockey 软件

2.直接一步一步安装就好了

3.创建桌面快捷方式

4.安装即可

5.点击完成

6.打开 Dockey 软件，菜单栏-Global Settings

7.选择 Docking tools，设置好下载的 vina_1.2.5_win.exe 文件

8.现在就结束了，可以进行分子对接了！

1.创建一个 Dockey 文件

2.命名文件

3.输入一个化合物的 PubChem CID，如槲皮素：5280343（其他数据库的自己探索一下）

4.输入一个蛋白的 pdb id 号，如 p53 的 PDBID 为 1AIE

5.去除蛋白上的水和有机离子等

6.设定对接盒子，如果不指定固定区域，可以直接设置包裹蛋白

7.选择保存盒子

8.进行分子对接：菜单栏-Run-Autodock Vina

9.勾选下面两个蛋白修复选框，点击 OK

10.查看对接状态及其结合能

11.右击导出对接结果表格，可用于进一步分析

12.下面是氢键和疏水相互作用的分析结果

1.如果进行多个化合物与蛋白直接的对接，也就是筛选潜在活性化合物，直接输入多个化合物的 PubChem CID 即可，之间使用英文逗号相连接

2.导入化合物，直接进行分子对接即可，就可以得到多个化合物与蛋白的对接结果了

1.如果遇到对接错误，如下面这样的

2.选择修复蛋白文件

3.如果还不行，就重新选择修复 receptor 工具

4.或者重新选择修复 ligand 工具

5.就可以对接成功了！赶紧来试试吧！

来源：Paper绘图