微生物组学是研究特定环境中微生物群落的行为、相互作用和功能。微生物组测序是一项革命性的技术，它允许科学家深入探索和理解人体内及环境中微生物群落的复杂性，揭示微生物种类的多样性、丰度和功能，为我们打开了一扇了解微生物如何影响人类健康、生态环境及工农业生产的大门。而对16S/ITS rDNA可变区进行靶向测序为微生物分类提供了一种快速且经济的方法，并能够在属-种水平上实现分类，是一种广泛应用的微生物群落分析技术。摘要：微生物组学是研究特定环境中微生物群落的行为、相互作用和功能。微生物组测序是一项革命性的技术，它允许科学家深入探索和理解人体内及环境中微生物群落的复杂性，揭示微生物种类的多样性、丰度和功能，为我们打开了一扇了解微生物如何影响人类健康、生态环境及工农业生产的大门。
微生物组学在人体、环境和工农业领域中的应用
为了持续助力微生物组学研究，华大智造基于DNBSEQ-G99和DNBSEQ-E25测序平台，推出微生物组靶向宏条形码测序组合产品，即日起开放订购。
微生物组靶向宏条形码测序组合产品示意图
核心优势应用场景丰富，基于主流的rDNA可变区域设计，适配多种样本类型，充分满足人体、工业、农业和环境等场景微生物组学研究的需求；集成核酸提取、文库制备、测序和分析的产品，一站式满足客户需求；搭载中小型测序平台，G99可极速完成PE300测序，E25无惧颠簸，可在海上稳定、高质地完成测序；性能表现样本类型：Zymo标准品以下2组数据是以Zymo标准品为样本进行16SV3V4和16SV4测序分析，来评估物种检出率、物种丰度准确性和重复性。结果如图1和2所示，预期物种全部检出，实测丰度与理论丰度接近，且批次间和批次内的重复性好。
图1 Zymo标准品菌种丰度堆叠柱状图（DNBSEQ-G99_16SV3V4）图2 Zymo标准品菌种丰度堆叠柱状图（DNBSEQ-E25_16SV4）
样本类型：人类粪便以下数据是以人类粪便为样本，分别进行16SV3V4和ITS2测序分析的结果。如图3和4所示，分别鉴定出Prevotella普雷沃氏菌属、Alloprevotella拟普雷沃菌属、Lachnospira毛螺菌属等和Saccharomyces酵母菌属、Candida念珠菌属、Nigrospora黑孢霉属等，这些都是肠道中常见的细菌和真菌群落。图3 粪便样本菌种丰度堆叠柱状图（DNBSEQ-G99_16SV3V4）
图4 粪便样本菌种丰度堆叠柱状图（DNBSEQ-G99_ITS2）
样本类型：酒醅以下数据是以酒醅为样本，分别进行16SV4和ITS1测序分析的结果。如图5和6所示，分别鉴定出Weissella魏斯氏菌属、Lactobacillu乳杆菌属、Oceanobacillus大洋芽孢杆菌属、Pediococcus片球菌属等酒醅中常见的细菌群落和Mucor毛霉菌属、Paecilomyces拟青霉属、Aspergillus黄曲霉等常见的真菌菌群。
图5 酒醅菌种丰度堆叠柱状图（DNBSEQ-E25_16SV4）
图6 酒醅菌种丰度堆叠柱状图（DNBSEQ-G99_ITS1）
样本类型：叶片表面清洗液以下数据是以叶片表面清洗液为样本进行ITS1测序分析，如图7所示，鉴定出Cladosporium分支孢子菌属、Nigrospora黑孢霉属、Curvularia弯孢霉属，Elsinoe痂囊腔菌属、Lachnum粒毛盘菌属等常见的引起叶片病变的真菌菌群。
图7 叶片表面菌种丰度堆叠柱状图（DNBSEQ-G99_ITS1）
以下数据为中国南海深海沉积物样本，采用16SV4和DNBSEQ-E25在海上完成测序的分析数据，如图8所示，该样本中检出了人类未培养过的细菌和古菌，如绿弯菌，酸杆菌，变形菌等。并进行了功能基因注释，为深入了解深海重要微生物类群的生物地球化学机制提供重要的参考。
图8 物种分布堆叠图
经验证，华大智造微生物组靶向宏条形码测序组合产品已适配多种样本类型，覆盖微生物领域丰富的应用场景，并具有优异的检测性能和强大的分析功能，可作为微生物组学研究的理想工具。订购信息“码”上了解华大智造微生物组靶向
宏条形码测序组合产品
参考文献：
[1]Toward a Predictive Understanding of Earth’s Microbiomes to Address 21st Century Challenges. ASM Journals.2016.
来源：动态宝
