摘要：物体的角度，或者物体的取向（Orientation）是描述视野内物体整体趋势的一个重要信息。

物体的角度，或者物体的取向（Orientation）是描述视野内物体整体趋势的一个重要信息。

在ImageJ最基础的手动测角度信息，一般有两种方法：

但这种方法是一个个手动测量，只适用于物体比较少的情况：

这篇文章会介绍在ImageJ当中，怎样自动测量物体的取向/角度。

这里分两种情况进行讨论：1、类似细胞的物体取向；2、类似纤维的物体取向。

（1）图像分割

对于类似细胞的物体，需要首先把物体分割出来然后进行二值化：

这里展示的最简单的基于阈值的二值化方法。还有其他更多的分割方法可以参考专栏的其他文章。

（2）设置测量参数

二值化后，Analyze - Set Measurements勾选Feret's diameter：

Feret diameter可以自动测量出物体基于水平面的夹角：

（3）Analyze - Analyze Particles

通过Analyze Particles可以对二值化的物体进行批量测量，设置参数：

这一步跟自动细胞计数是同理的，具体参数怎么设置可以参考：

设置好参数后，点击OK，即可得到结果。FeretAngle就是测量得到的物体角度：

对于类似纤维的物体，传统的二值化+Analyze Particles，不能很好的将纤维分成一段一段的个体：

Fiji自带的Ridge detection，可以很好解决这类问题：

（1）Plugins - Ridge Detection

Ridge Detection只支持8-bit图像，如果初始图像是16-bit或者RGB格式，需要先转成8-bit：

Ridge detection的参数主要有两个方法：

1、基于Intensity，调High Contrast和Low Contrast；

2、基于线段长度，调Minimum Line Length和Maximum Line Length；

通过勾选Preview来预览线段的检测效果。

勾选Add to Manager，然后点击OK，得到分割后的线段的ROI：

（2）删除分支点

ROI Manager不仅会记录每一条线段，还会记录每一个分支点：

可以按住Shift选中头尾的两个分支点的ROI，然后点击Delete，删除所有分支点的ROI：

（3）Measure所有线段

在ROI Manager点击Measure，即可得到所有线段的长度以及角度（Set Measurements勾选Feret's Diameter）：

得到所有物体的角度分布之后，可以进行后续的作图展示。

如果对于ImageJ使用有什么问题可以私信我，或者给我发邮件：zhaoyc9@163.com

希望对大家有帮助~

来源：老齐说滨州事