Cell子刊：魏文俊/李胜利/王宇/嵇庆海团队绘制甲状腺癌进展中的空间分辨率转录组全景图
撰文丨王聪编辑丨王多鱼排版丨水成文肿瘤微环境（TME）重塑在甲状腺癌的进展中发挥着关键作用，但其空间动态仍不清楚。2025 年 3 月 28 日，复旦大学附属肿瘤医院魏文俊、王宇、嵇庆海及上海交通大学医学院附属第一人民医院李胜利等人在 Cell 子刊 Cell
转录组
NRR：中国山西医科大学陆利和张承武团队利用转录组学与机器学习分析探索参与阿尔茨海默病颞中回…
阿尔茨海默病是最常见的神经退行性疾病，也是老年痴呆症的主要原因，尽管已经进行了广泛的研究来了解导致阿尔茨海默病的大脑变化，但是其病因尚不清楚[1]。颞中回在阿尔茨海默病病理发展进程受到影响，是阿尔茨海默病患者的脑萎缩发生区域之一[2]。阿尔茨海默病病理与大脑微
中国农业大学/神农种业实验室：玉米在干旱胁迫下的高时间分辨率转录组研究助力耐旱基因挖掘
2025年3月24日，中国农业大学/神农种业实验室团队合作在国际知名期刊 International Journal of Biological Macromolecules 在线发表了题为 “Identification of the maize droug
Nat Methods丨朱晨旭团队开发Paired-Damage-seq技术对单细胞基因组损伤与转录组进行同时检测
在多细胞生物中，基因组的完整性和表观遗传信息的稳定性是维持生命活动的核心。然而，无论是内源性还是外界环境压力，都可能导致DNA损伤，并在细胞内积累，最终引发与年龄相关的病理变化甚至疾病【1】。这些DNA损伤的分布模式及其对细胞功能的影响，一直是研究人员探索的重
Cell丨一种结合CRISPR筛选和空间转录组学的新方法—Perturb-FISH
传统的CRISPR筛选技术（如Perturb-seq）结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）能够分析基因扰动后的转录组变化，但缺乏空间信息，无法解析细胞微环境对基因表达的影响。而光学池筛选（如MERFISH，多重荧光原位杂交技术）虽能提供高分辨率空间转录组
前沿简报丨血小板转录组学在评估再生障碍性贫血治疗效果及预测长期血小板计数恢复中的应用
再生障碍性贫血（AA）是一种骨髓衰竭疾病，其治疗效果的评估手段仍较为有限。血小板减少通常是新诊断AA患者最早且最严重的症状。虽然治疗过程中常关注血小板数量的变化，但AA患者血小板分子特征的改善很少被重视。研究者通过分析AA患者确诊初期及治疗不同阶段的血小板转录
第二十届国际基因组学大会武汉专场在光谷开幕
3月22日，第二十届国际基因组学大会武汉专场（ICG-20 Wuhan）在光谷开幕。本次大会以“组学与人工智能在生物多样性保护中的应用（Omics and AI in Biodiversity）”为主题，吸引了来自全球各地的百余位科学家、专家和行业领袖参加，共
糖尿病全基因表达谱重构：从转录组到表观调控的多维解码
2025年《Nature Metabolism》发布的全球糖尿病地图显示，中国成人患病率已达12.4%，而β细胞功能衰退和胰岛素抵抗的分子机制仍存在30%的未知盲区。本文基于最新单细胞转录组（scRNA-seq）、表观基因组（ATAC-seq）及空间转录组技术
Cell | 当CRISPR筛选 “遇到” 单细胞空间转录组
一项近日发表在Cell的文章就报道了一种新方法-Perturb-FISH，基于成像的策略实现了单细胞空间转录组（MERFISH[2]）和CRISPR guide RNA（T7启动子驱动的gRNA扩增[3]）的同时解析[1]。
NRR：中国四川大学华西医院周诚和张东航团队成功描绘了成人脊髓胶质的单细胞及空间转录组学图谱
中枢神经系统中除包含神经元外，还存在胶质细胞，后者的主要类型包括星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞。其中星形胶质细胞是哺乳动物中枢神经系统中最丰富的胶质细胞，可在从中枢神经系统的结构支持到调节与许多神经和精神疾病相关的神经炎症起着关键作用[1]。众所周知，
Science | 细菌单细胞空间转录组学技术助力菌群研究
单细胞在复杂环境中做出的决策是许多细菌现象的基础。基于成像的转录组学方法为研究此类行为提供了途径，但这些方法一直受到细菌mRNA 超高密度的阻碍。为了克服这一难题，我们将千倍体积扩展与多重容错荧光原位杂交（MERFISH, multiplexed error-
大麦泛转录组揭示基因型依赖性转录复杂性的多层调控
在生物学研究中，转录组学是连接基因组信息与生物功能的重要桥梁。传统的转录组研究通常依赖于单一参考基因组，这可能导致分析偏倚，无法全面反映物种内的遗传多样性。近年来，泛基因组的概念应运而生，它通过整合多个个体的基因组信息，更完整地展现物种的遗传变异。泛转录组则是
iMeta | 王梦芝/周平/杨庆勇-开发7类草食动物105种组织转录组数据库
● 本研究构建了目前为止规模最大的设计性的草食动物全组织转录组数据库（HTIRDB），旨在为揭示草食动物适应不同环境的演化机制及解读关键经济性状的遗传基础提供宝贵的数据资源和分析平台。HTIRDB具有以下亮点：（1）大规模和全面的转录组数据的整合和分析（整合了
420万个细胞高分辨率空间转录组图谱揭示脑衰老的细胞邻近效应
脑衰老与神经退行性疾病（如阿尔茨海默病）的发病风险显著相关，这些疾病的发生与脑内细胞和分子水平的复杂变化密不可分，系统性地理解这些变化对于神经退行性疾病的早期诊断与干预具有重要意义【1】。近年来的研究利用单细胞测序技术从不同角度解析了脑衰老过程中发生的分子变化
Nature Methods | “等深度”模型重塑空间生物学格局：深度学习与空间转录组学的完美结合
随着基因组学和空间转录组学(Spatial Transcriptomics, ST)技术的飞速发展，我们得以探索组织内基因表达的空间分布，从而揭示生物体复杂的功能和结构。然而，现有的空间转录组学数据通常由于测序深度或技术限制而呈现高稀疏性，这为全面解析组织中基
Nature | 420万个细胞高分辨率空间转录组图谱揭示脑衰老的细胞邻近效应
脑衰老与神经退行性疾病 （如阿尔茨海默病） 的发病风险显著相关，这些疾病的发生与脑内细胞和分子水平的复杂变化密不可分，系统性地理解这些变化对于神经退行性疾病的早期诊断与干预具有重要意义【1】。近年来的研究利用单细胞测序技术从不同角度解析了脑衰老过程中发生的分子
“菌胜D1-8”抗高温能力突出！整合转录组学和蛋白组学来解析
近年来，羊肚菌种植规模发展迅速，产业发展备受关注。同时，作为低温型菌种品类，羊肚菌对高温敏感，尤其是六妹羊肚菌（Morchella sextelata），种植过程中遭遇高温往往造成减产甚至绝收。“菌胜D1-8”（以下简称“D1-8”）是菌胜生物近几年选育的温度
肥胖干预新思路！华大等绘制七鳃鳗单细胞转录组图谱，揭示其免疫系统
近日，华大生命科学研究院联合辽宁师范大学七鳃鳗研究中心等单位于《自然·通讯》（Nature Communications）在线发表研究成果，团队基于华大自主研发的DNBelab C4和 DNBSEQ测序平台，采用单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，构建了七鳃
肥胖干预新思路！华大等绘制七鳃鳗单细胞转录组图谱
近日，华大生命科学研究院联合辽宁师范大学七鳃鳗研究中心等单位于《自然·通讯》（Nature Communications）在线发表研究成果，团队基于华大自主研发的DNBelab C4和 DNBSEQ测序平台，采用单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，构建了七鳃
诺华重磅：深度学习破解转录组学密码，重塑癌症研究格局
细胞系和源自患者的异种移植物对癌症研究至关重要；然而，从这些模型中得出的结果往往缺乏临床转化性，因为它们不能完全再现复杂的癌症生物学特性。在这项研究中，团队开发了MOBER（多源批量效应去除法），在去除混杂因素信息的同时提取有生物意义的嵌入。