未来战士集结，准备迎接入侵！

摘要：第十八使徒人类入侵，所到之处寸草不生，只要还有喘气的都要补上一刀。即使面对使徒也战无不胜的nerv，现在也沦为了单方面屠杀的战场。在解决掉第十七使徒后，SeeLe等人准备发动"约定的时刻"，利用初号机发动补完计划，让所有的生命以献祭的方式合二为一。

第十八使徒人类入侵，所到之处寸草不生，只要还有喘气的都要补上一刀。即使面对使徒也战无不胜的nerv，现在也沦为了单方面屠杀的战场。在解决掉第十七使徒后，SeeLe等人准备发动"约定的时刻"，利用初号机发动补完计划，让所有的生命以献祭的方式合二为一。

但碇司令和冬月却暗地里有其他的心思，不得已SeeLe只好争夺nerv的控制权。他们首先利用全球其他地方的5台三贤人系统，打算直接入侵基地主机，准备温柔的夺取基地的控制权。奈何以一敌五，步步溃败。不得已，碇司令又想起了律子，律子悲伤的感叹，连抛弃的人都还能利用。

虽然律子早已对碇源渡怀恨在心，但依然还是帮助他应付三贤人系统被入侵。此时的众人都心怀鬼胎，终于在律子的操作下，危机占时解除，但SeeLe肯定不会就此罢手。

另一边，精神崩溃的明日香已经接近植物人状态，真嗣也因为朋友的离去，且亲手杀掉了自己最"爱"的人，精神也处于崩溃的边缘。他试图唤醒明日香，奈何用力过猛，不小心扯开了明日香的上衣。看着明日香妙曼的身姿，真嗣也犯下了错误，一个没控制住，释放了一手的亚当。

回到入侵前，基地内的众人也都迷茫，按理说处理掉最后的使徒，迎接而来不应该是和平才对吗？但是为什么现在的气氛会如此的诡异？nerv怎么办？nerve怎么办？大家心里都没有底。因为朗枪的丢失，SeeLe只能选择利用初号机发动补完计划，但碇司令却有着另外的打算。

很快众人的猜测便应验了，SeeLe原本是打算"温和"的回收总部以及初号机，但现在不得不武力回收。军队开始朝着nerv基地的方向集结过来，大批的军队以火力覆盖的方式，摧毁了nerv布置在地面上的设施。碇司令也下令进入第一战斗状态，人们怎么也不相信，最后的敌人竟然是人类自己。

随着门卫被暗杀，nerv的入侵正式拉开了序幕。nerv从来没有想过于人类对战，战斗人员的配置完全被军队碾压。大批的军队进入了nerv基地内，美里深知入侵只是一个幌子，他们真正的目的是剩余的两台EVA以及真嗣他们。昏迷的明日香被安排进了二号机，发射向了70米深的湖底，而绫波丽下落不明。此时的她才是最安全的，毕竟觉醒的"人"现在还在悠闲的泡澡，而真嗣却已经自闭，躲在了基地的某个角落里。