摘要:基因功能筛选:依托全基因组或基因家族文库,批量鉴定关键基因和关键通路。功能互补:通过cDNA产品拯救突变表型,验证基因功能。前沿应用领域:非哺乳类模式生物文库近些年广泛应用于衰老、细胞稳态、肠道菌群研究、感染与免疫、合成生物学等前沿领域。
模式生物基因文库如何加速科研进程?
基因功能筛选:依托全基因组或基因家族文库,批量鉴定关键基因和关键通路。
功能互补:通过cDNA产品拯救突变表型,验证基因功能。
前沿应用领域:非哺乳类模式生物文库近些年广泛应用于衰老、细胞稳态、肠道菌群研究、感染与免疫、合成生物学等前沿领域。
Dharmacon的基因文库已助力多项CNS论文发表!
直播预告:解锁模式生物的无限可能!
直播主题:非哺乳类基因文库助力模式生物前沿科学发现
直播时间:5月28日19:00—20:00
直播大纲:
经典模式生物线虫、酵母、大肠杆菌中基因文库筛选的实战应用
Dharmacon经典模式生物文库详情
讲师介绍:
李想博士,瑞孚迪Revvity Dharmacon 产品线产品经理,博士毕业于北京生命科学研究所(NIBS),拥有十年以上基因文库筛选、药物研发、表观遗传学研究经验。在瑞孚迪先后负责高内涵成像、多功能酶标和基因文库产品线技术工作。
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模式生物明星产品及其科研“高光领域”
一、秀丽线虫RNAi 文库(C. elegans RNAi Collection)
来源于Marc Vidal实验室,也被称为Vidal RNAi Collection,是专为elegans的RNAi筛选而开发,该文库以elegansORFeome文库v1.1为基础,将ORF克隆载体转化至pL4440-Dest-RNAi喂养载体上,然后转入大肠杆菌饲养菌株HT115(D3)。直接给线虫喂食饲养株即可完成RNAi,该克隆纯化的质粒也可直接作为体外合成双链RNA的模板,通过浸泡或注射的方式对线虫进行RNAi。具体信息参考:https://wormbase.org/-34-5。
【产品特点】
该文库提供11511个RNAi克隆,每个克隆靶向一个单独的基因;
直接给线虫喂食饲养株即可完成RNAi,该克隆纯化的质粒也可直接作为体外合成双链RNA的模板,通过浸泡或注射的方式对线虫进行RNAi;
产品形式:大肠杆菌HT115(D3)甘油菌。
【经典案例】
Dev Cell. 2023 Dec 4;58(23):2718-2731.e7. doi: 10.1016/j.devcel.2023.08.019. Epub 2023 Sep 13.
Mitochondrial GTP metabolism controls reproductive aging in C. elegans
DharmaconTM的C.elegans siRNA文库用于线粒体GTP衰老调控机制筛选,发现线粒体 GTP(mtGTP)代谢通过线粒体动力学因子调控生殖衰老。
二、酵母基因敲除株及文库(YKO,Yeast Knockout collection)
经典的酵母基因敲除collection,由酵母基因组缺失项目(Saccharomyces Genome Deletion Project)开发,覆盖酵母基因组96%的基因敲除酵母株。
【产品特点】
在四种背景菌株(MATa和MATalpha的单倍体、杂合子二倍体和纯合子二倍体)中敲除了6000多个基因,从而产生了20000多个不同的基因敲除菌株;
通过分子条形码可对基因功能进行平行分析;
突变酵母菌株也可通过测序或使用全基因组方法进行单独分析;
产品形式:酵母株甘油储存液。
【经典案例】
Nat Commun. 2023 Nov 27;14(1):7719. doi: 10.1038/s41467-023-43233-y.
Sis2 regulates yeast replicative lifespan in a dose-dependent manner
DharmaconTM的Yeast KO文库用于微流控衰老筛选,开发了一个基于微流控的酵母寿命测量技术,并筛选到酵母长寿的关键基因SIS2。
三、大肠杆菌Keio 基因敲除文库(E. coli Keio Knockouts Collection)
Keio敲除文库是经典的大肠杆菌基因文库,包含大肠杆菌K-12中所有非必需基因的单基因敲除突变体。Keio敲除文库由日本Keio大学先进生物科学研究所、日本奈良科学技术研究所和普渡大学合作开发。它不仅是系统功能基因组学的重要资源,也可作为许多反向遗传学方法的工具。
【产品特点】
该库涵盖3985个基因,每个基因提供2个独立的缺失菌株,共7970个克隆;
每个删除的基因均被卡那霉素抗性基因取代,侧翼带有的FRT位点可被FLP重组酶识别并切除;
背景菌株:E.coli K-12 BW25113,常用的大肠杆菌基因敲除背景原型株
【经典案例】
Nucleic Acids Res. 2020 Jul 27;48(13):7005-7017. doi: 10.1093/nar/gkaa346.
Escherichia coli YcaQ is a DNA glycosylase that unhooks DNA interstrand crosslinks
DharmaconTM的E.Coli Keio 菌株用于DNA损伤修复机制研究,发现大肠杆菌蛋白 YcaQ 是一种ICL (链间 DNA 交联)修复糖基化酶, 其介导的 BER (碱基切除修复)是另一种 ICL 修复途径。
Dharmacon™试剂品牌为DNA、RNA和蛋白质水平的研究人员提供广泛的功能基因组工具,包括业界领先的基因调控和基因编辑解决方案,以帮助阐明基因功能研究的复杂生物网络。Dharmacon™试剂品牌为您提供从单基因实验到全基因组筛选的全套基因组解决方案,促进基因研究和治疗发现的进步。作为合成寡核苷酸的主要供应商,Dharmacon™试剂已有近30年的历史,是首家为RNAi提供算法设计合成siRNA的公司,也是首家为CRISPR-Cas9基因编辑应用提供引导RNA的公司。
北京达科为生物技术有限公司由深圳达科为公司于2008年投资创立。公司专注于生命科学科研试剂、仪器、耗材等科研用品的销售。代理自主品牌(达优)和国际知名生物技术品牌140余家(独家代理30余家,一级代理90余家),产品线涉及免疫学、细胞生物学、分子生物学试剂与耗材,在北京、上海,广州,深圳等一线城市以及省会城市都设立了运营中心和分公司,达科为生物一直坚持“至臻品质 至善服务”的经营理念,是国内领先的生物试剂及仪器供应商。
来源:小方的科学世界