生物医学领域期刊对研究资源识别码RRID使用和论文中相关描述的要求

摘要：在过去10年中，生物医学研究领域经历了诸多变化，特别是在提高研究质量和透明度方面。各种指南为科研人员提供了更为严谨的规范，确保了研究结果的可靠性和可重复性。2021年“提高卫生研究质量和透明度(EQUATOR)协作网”提出了一项指南“生物医学文献中研究资源的特

在过去10年中，生物医学研究领域经历了诸多变化，特别是在提高研究质量和透明度方面。各种指南为科研人员提供了更为严谨的规范，确保了研究结果的可靠性和可重复性。2021年“提高卫生研究质量和透明度(EQUATOR)协作网”提出了一项指南“生物医学文献中研究资源的特定识别：研究资源识别码(RRID)”(Unique identification of research resources in the biomedical literature: the Resource Identification Initiative (RRID)”)。RRID(研究资源识别码，Research Resource Identifier，RRID)是由FORCE 11(“研究交流与数字学术未来”组织)小组于2014年推出的，其可有效解决生物资源的可重复性问题。

研究的可重复性是科学研究的基石。然而，当前生物医学领域中，研究结果的不可重复性已经成为一个普遍的问题。科学文献中充满了对试剂、抗体、组织样本和软件工具的引用，但这些引用质量往往很差，以至于其他研究人员很难确定所使用的确切材料。有研究称，54%的生物资源在出版物中无法唯一识别[1]，这使得其他研究者在尝试复现实验时存在重重困难。例如，不同文章的作者可能会使用“CellQuest”“Cell Quest Pro”或“CellQuest (BD Biosciences)”等不同的名称来标注BD CellQuest Pro软件。然而，目前对研究资源的报告做法并不足以确定报告的确切资源或回答“其他研究如何使用该资源？”等基本问题。

虽然生产商及目录号也能帮助我们识别不同的生物资源，但是由于生产商的重组等问题，当文章发表时，可能存在引用的目录号不再可用或指向其他商品的情况[2]。RRID是为解决生物医学领域研究中不同研究者在描述相同生物资源的差异而开发的一个工具。RRID赋予了不同生物资源的持久和唯一的标识符，这有助于生物医学领域的研究者正确报告、准确复制和更容易地扩展动物研究的结果，并允许资源分销商和资助机构监测这些关键模型生物和其他资源的使用情况。RRID分为前后两个部分，冒号前为前缀RRID，后面则是字母标签和编号，字母标签指示提供资源的来源机构。如，AB为抗体注册表，MGI为小鼠基因组信息学，SCR为SciCrunch。

RRID具有较好的识别精度，且其存在是独立的，不依赖于生产商的变动。RRID具有3个重要的特征：

(1)机器可读；

(2)可自由生成和访问；目前所有RRID都可见于scicrunch.org/resources，该平台由SciCrunch监管；

(3)在不同出版商/期刊间保持一致。

因此通过RRID可更加容易地识别和获取正确的资源，减少寻找它们的时间，同时还可更容易地跟踪其使用历史以及识别已知的问题，有助于识别潜在的问题，如细胞系的污染或错误识别。此外，RRID还能帮助提供其他有用的信息，如细胞倍增时间和HLA分型信息。读者还可使用RRID来比较使用相同RNA测序系统的不同文章的方法，以了解其他实验室是如何使用该工具的。此外，每个RRID都有一个“使用和引用指标”链接，可以帮助研究者找到使用相同资源的其他研究团队，促进科研合作。

RRID的实施不仅依托于准确的标识和文献引用，还需要有效的平台进行支持。访问https://scicrunch.org/resources，并输入搜索词即可获取RRID。每个RRID都可直接链接到各权威数据库，包括细胞系Cellosaurus或NCBI BioSample、抗体Antibody Registry、大鼠基因组数据库(RGD)、小鼠基因组信息学数据库(MGI)、斑马鱼信息网(ZFIN)、模型生物数据库Wormbase或Flybase、质粒数据库Addgene等。在文章方法中适当位置插入“RRID:”加上标识符，即可标注对应的生物资源。例如：抗体anti-ERK1 (Abgent Cat# AP7251E, RRID: AB_2140114)、转基因生物Fgf9Eks/Fgf9+ mice (RRID:MGI_3840442)、细胞HEK293T cells(ATTC, Cat# CRL-3216, RRID: CVCL_0063)、软件ImageJ (RRID: SCR_003070)。当找不到使用的模型生物或抗体的RRID时，可以通过简单的步骤申请添加。如细胞系的RRID是通过向Cellosaurus发送电子邮件并附上相关详细信息来添加的，抗体则是通过在抗体注册网站上填写表格来添加的。新增信息一般可在1或2个工作日得到反馈。这种机制确保了RRID数据库的持续更新和完善。

已有研究表明，使用RRID标记的抗体在相关文献中的错误率显著降低[3]。

这一发现促使Nature，Science，Elsevier，美国癌症研究协会等出版商鼓励作者使用RRID。作为神经生物学领域的重要期刊，NRR也要求作者在投稿时为抗体、模型生物、细胞系、质粒和其他工具(软件、数据库、服务)添加RRID。尽管RRID在当前的生物医学研究中发挥了关键作用，但其推广和实施仍面临一定的挑战：一些研究者对RRID的了解仍然有限，教育和培训是推广RRID的重要一环。虽然RRID可提供唯一标识，但仍需结合具体的资源信息，如名称、成分、生产商、产地、目录号等，以避免遗漏重要信息。未来，RRID体系需要与主流文献数据库、科研工具和管理软件进行更深入的整合，以实现更加顺畅的使用体验。

综上，RRID将逐渐成为增强生物医学研究质量的重要工具，并有望在生物医学领域期刊得到更广泛地使用。

参考文献

[1] VASILEVSKY NA, BRUSH MH, PADDOCK H, et al. On the reproducibility of science: unique identification of research resources in the biomedical literature. PeerJ. 2013;1:e148.

[2] BAKER M. Reproducibility crisis: Blame it on the antibodies. Nature. 2015;521(7552):274-276.

[3] BANDROWSKI A, BRUSH M, GRETHE JS, et al. The Resource Identification Initiative: A cultural shift in publishing. F1000Res. 2015;4:134.