摘要：大家好，欢迎观看《时空日报》第356期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的Genpilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
大家好，欢迎观看《时空日报》第356期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的Genpilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、空间转录组和单核转录组测序揭示四羟基二苯乙烯葡糖苷借Vegfa-Ephb2促进卵巢类器官发育
Spatial Transcriptome and Single Nucleus Transcriptome Sequencing Reveals Tetrahydroxy Stilbene Glucoside Promotes Ovarian Organoids Development Through the Vegfa-Ephb2 Pair
Advanced Science; IF: 14.300; DOI: 10.1002/advs.202410098
内容概要：
① 卵巢功能障碍是女性不孕的一个重要原因。为了找到预防和治疗由此引发的女性不孕的方法，研究人员开始探索如何改善或重塑卵巢功能。他们采用了一种创新的方法，即对源自无饲养层女性生殖干细胞的卵巢类器官进行体外植物源性化合物的活性筛选。在这个过程中，他们发现了一种名为四羟基二苯乙烯葡萄糖苷（TSG）的化合物，该化合物在体外实验中展现出了促进卵巢类器官发育的潜力。
② 为了深入了解TSG在卵巢类器官发育中的具体作用，研究人员采用了先进的单核转录组测序和空间转录组测序技术。这些技术使他们能够构建一个全面的时空图谱，该图谱不仅涵盖了卵巢类器官发育过程中的细胞类型和亚型，还包括了转录因子、伪时间序列以及细胞通讯动态等关键信息。通过这个图谱，研究人员得以清晰地看到TSG是如何在卵巢类器官的发育过程中发挥作用的。
③ 这项研究不仅增进了我们对卵巢类器官发育机制的理解，还为筛选治疗不孕症及相关疾病的化合物提供了一个新的技术平台。更重要的是，它为植物源性化合物在临床上的应用奠定了坚实的基础，为未来的不孕症治疗和相关疾病研究开辟了新的可能性。
生长发育：配体受体对，卵巢类器官，植物衍生化合物，空间转录组测序，snRNA-seq; Mu C, Li X, Yang J, et al.; School of Basic Medical Sciences, Key Laboratory of Fertility Preservation and Maintenance of Ministry of Education, Ningxia Medical University, Yinchuan, 750004, China.
2、单细胞同步代谢组和转录组谱揭示代谢物-基因相关网络
Single-Cell Simultaneous Metabolome and Transcriptome Profiling Revealing Metabolite-Gene Correlation Network
Advanced Science; IF:14.300; DOI: 10.1002/advs.202411276
内容概要：
① 在单细胞水平上进行代谢研究，科学家们得以直接观察并确定最接近生理或疾病状态的细胞表型。然而，现有的技术挑战限制了这一领域的深入探索。特别是，使用质谱技术的单细胞代谢组（SCM）研究，尽管具有巨大潜力，但仍难以全面揭示细胞内部的复杂代谢活动。此外，转录组和代谢组水平之间可能存在的不一致性，进一步阻碍了代谢-表型关系的准确预测。为了解决这些难题，研究人员急需开发一种能够同时捕捉单细胞中代谢组和转录组信息的新方法。
② 为了满足这一需求，本研究团队成功开发了一种名为scMeT-seq的单细胞同步代谢组和转录组测序方法。该方法的核心在于从单个细胞中进行亚皮升级采样，首先进行初步代谢组分析，紧接着进行单细胞转录组测序。这种创新的设计巧妙地平衡了细胞质的获取与细胞活性的保持，确保了在同一细胞中既能进行充分的代谢组分析，又能进行准确的转录组分析。scMeT-seq方法的成功应用，不仅为SCM研究提供了足够且高质量的细胞质，还极大地推动了代谢组和转录组联合分析的发展。
③ 通过对scMeT-seq数据的综合分析，研究人员揭示了巨噬细胞在特定代谢扰动下代谢组和转录组之间的动态关联和细胞状态特异性。更重要的是，代谢物特征被成功地映射到巨噬细胞转变的单细胞轨迹和基因相关网络中，从而实现了对代谢组的无监督功能解读。这一发现不仅为代谢研究提供了新的视角，还将代谢组学的研究范式从传统的代谢物快照转变为更加深入的功能性方法。scMeT-seq方法的建立和应用，无疑为代谢领域的研究开辟了新的道路，有望推动该领域取得更多突破性进展。
单细胞技术：RNA测序，功能代谢组学，质谱，多组学，单细胞; Mao X, Xia D, Xu M, et al.; Department of Ophthalmology, The First Affiliated Hospital of Nanjing Medical University, Nanjing, 210029, P. R. China.
来源：聊科学的熊喵
