开发RNA语言模型,快速准确预测RNA三维结构

摘要:原创 生物世界 生物世界撰文丨王聪编辑丨王多鱼排版丨水成文2024年诺贝尔化学奖授予了 Demis Hassabis 和 John M. Jumper,以表彰他们在“蛋白质结构预测”方面的贡献,他们开发的AlphaFold系统实现了对蛋白质三维结构的准确预测。

原创 生物世界 生物世界撰文丨王聪编辑丨王多鱼排版丨水成文2024年诺贝尔化学奖授予了 Demis Hassabis 和 John M. Jumper,以表彰他们在“蛋白质结构预测”方面的贡献,他们开发的AlphaFold系统实现了对蛋白质三维结构的准确预测。然而,准确预测另一种生物大分子——RNA的三维结构,仍是一个尚未解决的挑战。确定RNA的三维结构对于理解其功能、指导靶向药物开发和合成生物学设计至关重要。但RNA的结构灵活性导致已通过实验确定的结构数据的稀缺,这使得计算预测工作变得复杂。近日,香港中文大学李煜、哈佛大学James Collins、尹鹏、智峪生科王晟、复旦大学孙思琦等人在 Nature 子刊 Nature Methods 上发表了题为:Accurate RNA 3D structure prediction using a language model-based deep learning approach 的研究论文。该研究使用RNA语言模型,实现准确、快速的RNA三维结构的从头预测,在建模单链RNA方面显示了很强的准确性,并在不同RNA家族和类型中表现出良好的泛化能力,同时还能够捕捉局部特征(例如螺旋间角和二级结构)。RhoFold+的架构和用于性能评估的任务RhoFold+与它的前身RhoFold相比,实现了完全自动化和差异化的改进,利用MSA和其他特性的改进集成来提高性能,其主要重点是确定单链RNA的结构,因为单链RNA与其他分子的相互作用有限。解决这一挑战可以帮助我们更好地理解RNA生物学,并为解决更复杂的结构问题提供起点。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41592-024-02487-0原标题:《Nature子刊:李煜/尹鹏/王晟/孙思琦等开发RNA语言模型,快速准确预测RNA三维结构》

来源:黑兔说科学

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