摘要：一项近日发表在Nature的工作很有创造性把 “随机浮动甲基化的CpG位点（fluctuating CpGs (fCpGs)）[3]”当作barcode（注：它某种程度反映了染色质结构的特征），结合计算拟合，实现了仅用bulk的基因组甲基化数据(可以来自探针或

解析肿瘤的克隆动态历程可以帮助人们分析病人预后乃至设计干预策略，但是缺乏高效简洁低成本的工具[1], [2]。

一项近日发表在Nature的工作很有创造性把 “随机浮动甲基化的CpG位点（fluctuating CpGs (fCpGs)）[3]”当作barcode（注：它某种程度反映了染色质结构的特征），结合计算拟合，实现了仅用bulk的基因组甲基化数据(可以来自探针或者测序等等)来解析淋巴瘤/白血病的克隆动态信息，并且发现这些信息可以有效分析病人预后[2]。

浮动甲基化的CpG位点[3]。

从浮动甲基化的CpG位点解析肿瘤克隆演化[2]。

肿瘤演化历程可用于分析预后[2]。

该项工作的通讯作者是伦敦Institute of Cancer Research的Trevor A. Graham、巴塞罗那大学的José I. Martin-Subero和Imperial College London的Calum Gabbutt；2025年9月10日在线发表在Nature[2]。

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有些反直觉的工作，bulk甲基化数据竟然包含那么细致克隆动态信息。

后续对于实体瘤的相关分析可能需要进一步结合血液的cell-free DNA。

另外需要注意因DNA甲基化修饰酶变异等潜在引入的系统偏差。

参考文献：

[1] N. McGranahan and C. Swanton, “Clonal Heterogeneity and Tumor Evolution: Past, Present, and the Future,” Cell, vol. 168, no. 4, pp. 613–628, Feb. 2017, doi: 10.1016/j.cell.2017.01.018.

[2] C. Gabbutt et al., “Fluctuating DNA methylation tracks cancer evolution at clinical scale,” Nature, no. October 2023, Sep. 2025, doi: 10.1038/s41586-025-09374-4.

[3] C. Gabbutt et al., “Fluctuating methylation clocks for cell lineage tracing at high temporal resolution in human tissues,” Nat. Biotechnol., vol. 40, no. 5, pp. 720–730, 2022, doi: 10.1038/s41587-021-01109-w.

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来源：健康的咪豆子