摘要：传统理论认为，蛋白质定位依赖类似"钥匙与锁"的特异性识别，或是依赖膜结构的物理阻隔。但最新发表于《Science》的研究“Protein codes promote selective subcellular compartmentalization”，颠覆了

传统理论认为，蛋白质定位依赖类似"钥匙与锁"的特异性识别，或是依赖膜结构的物理阻隔。但最新发表于《Science》的研究“Protein codes promote selective subcellular compartmentalization”，颠覆了认知：就像快递包裹上的条形码，每个蛋白质都携带着分布式编码（Distributed code），指引它们穿越细胞质基质（Cytoplasmic matrix），精准停泊在目标区室。研究团队开发的AI模型ProtGPS，仅通过分析氨基酸序列就能预测蛋白质去向，准确率最高达95%，甚至成功设计出能自主导航至核仁的人工蛋白质。更惊人的是，超过80%的致病基因突变会破坏这种"分子导航系统"，导致蛋白质在细胞内"迷路"——这为阿尔茨海默病、癌症等疾病的治疗开辟了全新路径。

这项发现不仅揭示了生命最精妙的定位智慧，更预示着医疗革命的到来：未来或可通过改写蛋白质"邮政编码"精准治疗疾病，甚至设计出能在特定细胞区室工作的智能药物。当我们凝视显微镜下的细胞世界，那些跳动的荧光斑点正诉说着一个全新维度的生命密码——而我们，刚刚拿到了破译它的密钥。

细胞：比任何城市都精密的微型宇宙

你是否想象过细胞内部像一座精密运转的城市？在这直径仅20微米的"微型宇宙"里，每天有超过100亿个蛋白质分子在精确导航——它们穿过复杂的细胞质基质（Cytoplasmic matrix），跨越核膜（Nuclear envelope），准确抵达核仁（Nucleolus）、核斑（Nuclear speckles）等12个功能区域。这种堪比卫星定位的精准度，最近被研究团队揭开了神秘面纱。

传统理论认为，蛋白质定位主要依赖两种机制：

膜结构上的"门禁系统"（如核孔复合体）

蛋白质间的特异性结合（如酶与底物的锁钥结构）

但最新《Science》论文指出，蛋白质氨基酸序列中隐藏着更本质的定位密码。就像每封快递都有邮政编码，每个蛋白质都携带着决定其目的地的分子级"地址标签"。这个发现不仅改写了教科书，更为癌症、阿尔茨海默病等50余种与蛋白质错误定位相关的疾病带来全新治疗思路。

AI破译蛋白质的"隐藏语言"

研究团队开发的ProtGPS模型，堪称生物学界的"ChatGPT"。这个基于ESM2蛋白质语言模型（Evolutionary Scale Modeling）的AI系统，通过分析5480个人类蛋白质的亚细胞定位数据，展现出惊人的预测能力：

对12个区室的预测准确率（AUC-ROC）达0.83-0.95

在完全未知的测试集上，预测精度超越传统模型30%以上

仅需输入完整氨基酸序列，就能计算蛋白质在核仁、应激颗粒（Stress granule）等无膜结构的分布概率

这就像发现蛋白质除了折叠密码外，还有第二套语法系统。更令人震惊的是，当研究人员用马尔可夫链蒙特卡洛算法（Markov Chain Monte Carlo）生成全新蛋白质时，40%的人工设计序列成功定位到目标区室——这个成功率是传统方法的7000倍！

核仁定位蛋白：AI设计的分子导航仪

在最具挑战性的核仁定位实验中，研究团队创造了10个全新蛋白质（NUC1-10）。这些100个氨基酸长度的序列通过荧光标记（mCherry）在活细胞中展现惊人表现：

NUC1/2/5/6在核仁的富集浓度是对照组的8-15倍

即使移除经典核定位信号（NLS），仍能精准定位

动态追踪显示，人工蛋白在核仁内形成与天然蛋白相似的动态液滴

这证明定位密码是分布式存在的，不依赖特定Motif。

这种特性解释了为何传统方法难以破解定位规律——就像中文的语义需要整句理解，定位密码也分散在整个氨基酸序列中。

致病突变的"导航故障"

研究团队分析了ClinVar数据库中的205,182个致病突变，发现：

截短突变（Truncation）

使蛋白质定位确定性（Shannon熵）下降37%

83%的病例出现区室预测偏移（Wasserstein距离>0.1）

点突变（Missense）

仍有52%改变定位模式

典型案例如RBM20基因突变导致剪接因子（Splicing factor）错误定位于细胞质

通过构建20个致病突变体的活细胞模型，研究人员观察到：

亨廷顿病相关HTT蛋白在突变后形成异常聚集

乳腺癌易感基因BRCA1的核斑定位完全丧失

阿尔茨海默病相关TAU蛋白出现轴突运输紊乱

这为3000多种病因不明的遗传病提供了全新视角。

从实验室到临床：医疗新纪元的曙光

这项发现正在催生三大革命性应用：

1. 精准药物设计

已有抗癌药物通过区室富集效应提高疗效（如转录condensate靶向剂）

ProtGPS指导设计的核仁靶向载体，可提升基因治疗效率

2. 疾病诊断革新

建立"定位指纹"数据库，预计可提前5-10年预测神经退行性疾病

定位异常蛋白亦可作为癌症标志物

3. 基因治疗突破

在杜氏肌营养不良症模型中，修复定位密码有望使dystrophin蛋白恢复部分功能

新型AAV载体通过区室特异性设计，将提高基因递送效率

生命密码的双重奏：折叠与定位

这项研究丰富了60年来的"中心法则"认知：

上世纪50年代Anfinsen证明氨基酸序列决定蛋白质折叠

而该研究发现序列还编码空间定位信息

就像DNA同时承载遗传密码和表观调控信息，蛋白质也具备双重编码系统。这种层级化的信息结构，可能正是生命复杂性的根源。

我们正在见证分子生物学的第二次革命。

当AlphaFold破解折叠密码，ProtGPS揭开定位密码，我们终于开始读懂蛋白质的完整语言。

未来已来：重新定义生命的可能性

站在这个认知转折点上，研究人员正在探索：

人工细胞器（Artificial organelle）的理性设计

跨物种蛋白质导航系统的移植

基于定位密码的通用型基因治疗平台

理解蛋白质的化学地理学（Chemical geography），将使我们像城市规划师般重塑细胞。从癌症治疗到抗衰老研究，从基因编辑到合成生命，这场由AI驱动的生物革命，正在打开潘多拉魔盒的另一个维度。

下次当你凝视显微镜下的细胞时，请记住：那些跳动的荧光斑点不仅是化学反应的集合，更是一场由亿万分子遵循着精密导航规则演绎的生命之舞。而我们，刚刚拿到了这场演出的节目单。

参考文献

Kilgore HR, Chinn I, Mikhael PG, Mitnikov I, Van Dongen C, Zylberberg G, Afeyan L, Banani SF, Wilson-Hawken S, Lee TI, Barzilay R, Young RA. Protein codes promote selective subcellular compartmentalization. Science. 2025 Mar 7;387(6738):1095-1101. doi: 10.1126/science.adq2634. Epub 2025 Feb 6. PMID: 39913643.

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