分子动力学（八）
MD模拟同样分为两步：第一步进行0.5 ns约束溶质的MD模拟，约束力常数为41.8 kJ·mol-1·nm-2，期间温度从0 K逐步升高至300 K；第二步为5 ns的无约束恒温MD模拟。整个模拟过程使用VMD图像显示软件实时跟踪体系构象。采用SHAKE算法
分子动力学
分子动力学（五）
在MD模拟过程中，为了尽可能地还原生物大分子（尤其是蛋白质）在生理环境下的状态，通常将这些生物大分子置于虚拟的水环境中，并假设它们在纯水或含离子水中完全溶剂化。当然，对于诸如膜蛋白等在生理状态下就并非完全暴露在水环境中的生物大分子，在进行MD模拟前还需做特殊处